研究開発

複合体マルチコンフォーメーション解析


 Virtual Ligand (VL) method
 開発責任者  奥野 恭史(京都大学大学院医学研究科 教授)
 仮想リガンドによりタンパク質ポケット空間を膨張させた後、化合物ドッキング・MD/MM-PBSA法により医薬品化合物の結合ポーズを予測する

 WaterHall
 開発責任者  山下 雄史(東京大学 先端科学技術研究センター 特任准教授)
 MDシミュレーションで得られる構造ファイル群に対して、計算位相幾何学的にタンパク質周囲の水分子分布を特徴付ける

 FUJI force field
 開発責任者  藤谷 秀章(東京大学 先端科学技術研究センター 特任教授)
 高精度タンパク質力場

 GENESIS
 開発責任者  杉田有治(理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員)
 タンパク質、膜、核酸、糖鎖など、生体内分子系のための分子動力学ソフトウェア

 generalized Replica-Exchange with Solute Tempering (gREST)
 開発責任者  杉田有治(理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員)
 生体分子系の一部の温度を向上させることでサンプリング効率を向上させる

 BPBI(Binding pose prediction by best arm identification)
 開発責任者  津田 宏治(東京大学大学院 新領域創成科学研究科 教授)
 MM-PBSAを用いた自由エネルギー計算の際、初期ドッキングポーズを機械学習で適切に選択することで、高速化する

 ColDock
 開発責任者  北尾 彰朗 (東京工業大学 生命理工学院 教授)
 タンパク質と低分子の複合体立体構造を全原子モデルで高速に予測する

 dPaCS-MDMSM
 開発責任者  北尾 彰朗 (東京工業大学 生命理工学院 教授)
 タンパク質複合体の解離シミュレーションによってタンパク質複合体の結合エネルギー・解離速度定数・結合速度定数を計算

 QM/MM RWFE-SCF 法
 開発責任者  林 重彦(京都大学大学院理学研究科 教授)
 非経験的量子化学計算と長時間分子動力学シミュレーションを組み合わせた確率的最適化手法により、機能活性部位の電子状態と分子構造を精度よく決定する

その他の計算手法を見る場合は、下記のフロー図より選択してください。

soft_BPBI soft_CafeMol soft_ChemTS    
創薬ビッグデータ統合システム 化合物生成手法 化学構造変換手法 システム構築,組合せ最適化アルゴリズム 選択性予測,複数タンパク質との結合評価 複合体マルチコンフォーメーション解析 結合自由エネルギー計算 APOマルチコンフォーメーション生成,タンパク質間ネットワーク推定 バーチャルスクリーニング,ドッキング計算

創薬ビッグデータ統合システムのフロー



TOP