研究開発

Virtual Ligand (VL) method

・複合体マルチコンフォーメーション解析
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開発責任者
奥野 恭史(京都大学大学院医学研究科 教授)

主な開発者
荒木 望嗣(京都大学大学院医学研究科 特定准教授)

内容
仮想リガンドによりタンパク質ポケット空間を膨張させた後、化合物ドッキング・MD/MM-PBSA法により医薬品化合物の結合ポーズを予測する。

どんなことができるか
ポケットが閉じているタンパク質アポ構造を初期値として、医薬品化合物の結合ポーズを精度高く推定する事ができる。

関係論文
【方法論開発】
[1] Araki M, Iwata H, Ma B, Fujita A, Terayama K, Sagae Y, Ono F, Tsuda K, Kamiya N, Okuno Y., "Improving the Accuracy of Protein-Ligand Binding Mode Prediction Using a Molecular Dynamics-Based Pocket Generation Approach." J. Comput. Chem. 39(32) 2679-2689 (2018)

使用例
CDK2タンパク質とATP阻害剤を計算題材とし、VL methodによって化合物結合ポーズの予測精度を検証した。(参考文献[1] )

マニュアル・チュートリアル資料
問い合わせ先:荒木 望嗣 (araki.mitsugu.6w@kyoto-u.ac.jp) にご連絡ください。

関連する教科書
神谷 成敏,肥後 順一,福西 快文,中村 春木.「タンパク質計算科学―基礎と創薬への応用―」.共立出版,2009

ソフトウェアのホームページ・入手方法
入手先・ライセンスについては、問い合わせ先:荒木 望嗣 (araki.mitsugu.6w@kyoto-u.ac.jp) にご連絡ください。

問い合わせ先
荒木 望嗣 (araki.mitsugu.6w@kyoto-u.ac.jp)

   
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