ColDock
・複合体マルチコンフォーメーション解析開発責任者
北尾 彰朗 (東京工業大学 生命理工学院 教授)主な開発者
北尾 彰朗 (東京工業大学 生命理工学院 教授)竹村 和浩 (東京工業大学 生命理工学院 特任講師)
内容
タンパク質と低分子の複合体立体構造を全原子モデルで高速に予測するどんなことができるか
高濃度条件でタンパク質の周りにリガンドを配置し、結合確率を上昇させ、更に並列に計算を行うことで、複合体を全原子モデルで高速に予測することができる。関係論文
【参考文献】[1] K Takemura, C Sato, A Kitao, ColDock: Concentrated Ligand Docking with All-Atom Molecular Dynamics Simulation. The Journal of Physical Chemistry B 122 (29), 7191-7200 (2018).
使用例
【タンパク質ーリガンド複合体立体構造予測】1. ColDockを用いることでタクロリムスのようなフレキシブルな薬剤が結合したタンパク質複合体構造を全原子モデルで高速に計算できることを示した。（参考文献[1]）
