generalized Replica-Exchange with Solute Tempering combined with Replica-Exchange Umbrella Sampling (gREST/REUS)
・APOマルチコンフォーメーション生成、タンパク質間ネットワーク推定開発責任者
杉田有治（理化学研究所開拓研究本部 杉田理論分子研究室 主任研究員）主な開発者
李 秀栄 （理化学研究所生命機能科学研究センター 研究員）尾嶋 拓 （理化学研究所生命機能科学研究センター 研究員）
笠原 健人（理化学研究所生命機能科学研究センター 研究員）
神谷 基司（自然科学研究機構分子科学研究所 技術職員）
内容
gREST法とREUS法を組合せることでリガンド-タンパク質結合のサンプリング効率を向上させるどんなことができるか
・リガンドの結合・解離イベントのサンプリングを大幅に向上できる・実験で見えない準安定状態や会合体の構造を明らかにでき、阻害剤分子の設計に役立つ
・結合の自由エネルギー面を計算することでリガンド結合の経路を明らかにできる
関係論文
【方法論の開発】[1] S. Re, H. Oshima, K. Kasahara, M. Kamiya, Y. Sugita, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 116, 18404-18409 (2019)
使用例
SRCキナーゼとATP競合性阻害剤間の結合・脱離イベントを100回程度サンプリングすることで、結晶構造では見えない準安定結合状態、およびそれらに至る複数経路と中間状態を高い信頼性で予測した。結合初期に形成される会合体の形と相互作用によって、異なる経路が選択されることを見いだした。（参考文献[1]; プレスリリースhttp://www.riken.jp/pr/press/2019/20190906_2/））マニュアル・チュートリアル資料
マニュアルはGENESISのページのダウンロードサイトからダウンロード可能です。
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関連する教科書
M.P.Allen，D.J. Tildesley. Computer Simulation of Liquids. Oxford Science Publications，2017ソフトウェアのホームページ・入手方法
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