蛋白質・DNA複合系の高精度粗視化モデリングに向けて

	サブ課題A　高田 彰二（京都大学大学院理学研究科）
我々が進めている粗視化分子シミュレーションの技術的進捗と、細胞核分子モデリング への応用について報告する。まず、粗視化シミュレーションソフトウエアCafeMolのバージ ョン3.0を8月末に一般公開した。今回、新しいDNAモデルが実装され、従来よりかなり高精度で、配列依存的なDNA物性を再現できるようになった。粗視化モデルから全原子モデルを再構築するツールも概ね完成してきた。また、Protein Binding Microarray等の蛋白質ＤＮＡ相互作用の高スループット実験データを分子シミュレーションに取り込む方法を開発した。応用計算では、ヌクレオソームと転写因子の競合過程等において興味深い現象をシミュレーション中で見出している。