学習コンテンツ
生命科学と理工学の接点をなす計算生命科学の研究を進めていくための基礎講座として神戸大学計算科学教育センターなどと連携し、学生、大学院生、社会人を対象とした遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎」を2014年度より公開しています。ここでは計算生命科学の学習に役立つ参考図書とアーカイブ動画を紹介します。
講義は神戸大学計算科学教育センターより配信し、どこからでも無料でインターネット受講が可能です。詳細はこちらをご覧ください。
講義アーカイブ
講義アーカイブでは過去の講義をご覧いただけます。（講師の公開許可が得られたもののみ）|
■計算生命科学の基礎Ⅴ（2018年度）
■計算生命科学の基礎Ⅳ（2017年度） ■計算生命科学の基礎Ⅲ（2016年度） ■計算生命科学の基礎Ⅱ（2015年度） |
  (PDF 415kB) |
参考図書
遠隔インタラクティブ講義「計算生命科学の基礎」の担当講師による参考図書等を紹介します。（年度によって重複する図書も掲載しています。）計算生命科学の基礎Ⅴ
― 計算科学･データサイエンスと生命科学の融合 基礎から医療･創薬への応用まで
詳細な講義内容はこちら
【参考図書】
第1編 ゲノムから分子構造までの計算生命科学の基礎と実践
1．加藤 護「ゲノム医療のバイオインフォマティクス・パイプライン」 実験医学 2018 9月増刊 in press
2．加藤 護「がんのプレシジョン・メディシン」、アンチ・エイジング医学 2017 Vol. 13, 663-669
3．加藤 護「最新がん個別化医療 - 臨床シークエンスのバイオインフォマティクス -」 癌と化学療法 2016 Vol. 43 391-397
4．ゲノム創薬科学（田沼靖一編集）, 裳華房, 2017.
5．Chemoinformatics and Advanced Machine Learning Perspectives (Lodhi, H. and Yamanishi, Y., eds.), IGI Global, 2010.
6．神田 大輔「いきなり始める構造生物学」, 秀潤社, 2011
7．八木 達彦，遠藤 斗志也，神田 大輔「生化学の論理—物理化学の視点から—」，共立出版，2018，化学の要点シリーズ25（日本化学会編）
第2編 構造生命科学のための分子シミュレーション
1．神谷 成敏、肥後 順一、福西 快文、中村 春木「タンパク質計算科学（基礎と創薬への応用）」
, 共立出版
2．福澤 薫 「量子論に基づくタンパク質―化学物質相互作用解析～FMO創薬の実現に向けた取り組み」 日本薬理学雑誌 149, 240-246 (2017).
3．S. Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama and K. Fukuzawa, "Electron-correlated fragment-molecular-orbital calculations for biomolecular and nano systems" Phys. Chem. Chem. Phys., 16, 10310-10344 (2014).
4．https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/doc-LectureNotes/
5．https://sourceforge.net/p/ermod/wiki/doc-Theories/
6．F. Jansen, Introduction to Computational Chemistry, Third Edition, Wiley (2017)
第3編 健康科学・医療・創薬への応用
1．竹村 彰通「データサイエンス入門」, 岩波新書 2018年
2．ジェフ・エルトン「ヘルスケア産業のデジタル経営革命」, 日経BP社 2017年
3．平田 宗一郎, 國澤 純「マイクロバイオーム・感染症研究からのワクチン開発への展望」,最新医学 73a(4): 93-97, 2018
4. 細見 晃司, 國澤 純「ヒトマイクロバイオームビッグデータと健康医療への応用」, 月刊化学工業 69(3): 41-47, 2018
5. 長竹 貴広, 國澤 純「免疫・ワクチン応答を左右する腸内環境因子としての栄養と腸内細菌」, 医学のあゆみ 264(5): 403-410, 2018
6. 澤根 健人, 國澤 純「食用油を起点に形成される生体内脂質環境の構築とアレルギー疾患の制御」, 実験医学増刊 35(7): 185-190, 2017
7. 鈴木 英彦, 國澤 純「ビタミンによる免疫応答の制御と疾患」, 炎症と免疫25(1): 29-33, 2017
8. Gojobori, T. et al. (2016) VaProS: A Database-Integration Approach for Protein/Genome Information Retrieval. Journal of Structural and Functional Genomics, 17 (4), 69-81. DOI:10.1007/s10969-016-9211-3
9. Nishida S, Nishimoto S.Decoding naturalistic experiences from human brain activity via distributed representations of words. NeuroImage, Published online August 8, 2017.
10. 西田 知史, 西本 伸志「意味認知と脳内情報表現」, 人工知能 32(6):857–862, 2017.3.
11. 西田 知史, 下川 哲也, 小泉 愛「創薬医療に貢献するNICTの「脳情報科学×AI」研究開発」, 日本化学会情報化学部会誌 35(2):168–173, 2017.
計算生命科学の基礎Ⅳ
― 計算科学と生命科学の融合：基礎から医療・創薬・人工知能への応用まで
詳細な講義内容はこちら【参考図書】
第1編 ゲノムから構造までのインフォマティクスの基礎
1．岡田 随象（企画）「ゲノムデータをどう扱えば、医学と医療は変わるのか〜」羊土社（実験医学 2016年10月号）
2．日本バイオインフォマティクス学会 (編集)「バイオインフォマティクス入門」慶應義塾大学出版会（2015）
3．藤 博幸「タンパク質の立体構造入門―基礎から構造バイオインフォマティクスへ 」講談社（2010）
4．岩崎 憲治. 2016. 新時代：クライオ電子顕微鏡による近原子分解能での解析. 領域融合レビュー, 5, e010 (2016) DOI: 10.7875/leading.author.5.e010
5．上野 豊, 他.「解説 電子顕微鏡によるタンパク質立体構造の単粒子解析」日本物理学会誌 57(8) 568-574.（2002）
6．Joachim Frank. 2006. Three-Dimensional Electron Microscopy Of Macromolecular Assemblies. Oxford University Press.
第2編 構造生命科学のための分子シミュレーション
1．柏木浩（著・監修）「タンパク質密度汎関数法」森北出版（2008）
2．佐藤文俊, 中野達也, 望月祐志, 「プログラムで実践する 生体分子量子化学計算 - ProteinDF/ABINIT-MPの基礎と応用」 森北出版 (2008)
3．福澤 薫 「量子論に基づくタンパク質―化学物質相互作用解析～FMO創薬の実現に向けた取り組み」 日本薬理学雑誌 149, 240-246 (2017)
4．S. Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama and K. Fukuzawa, "Electron-correlated fragment-molecular-orbital calculations for biomolecular and nano systems" Phys. Chem. Chem. Phys., 16, 10310-10344 (2014).
5．神谷成敏、肥後順一、福西快文、中村春木著「タンパク質計算科学（基礎と創薬への応用）」共立出版（2009）
第3編 計算生命科学の医療・創薬への応用
1．本村陽一, 岩崎弘利著「ベイジアンネットワーク技術」東京電機大学出版局（2006）
2．鈴木 譲,植野 真臣編著,黒木 学,清水 昌平,湊 真一,石畠 正和,樺島 祥介,田中 和之, 本村 陽一,玉田 嘉紀著「確率的グラフィカルモデル」共立出版（2016）
3．本村陽一 編著 (著), 竹中 毅 編著 (著), 石垣 司 編著 (著) 「サービス工学の技術 ―ビッグデータの活用と実践」東京電機大学出版局（2012）
4．産業技術総合研究所著 「社会の中で社会のためのサービス工学～モノ・コト・ヒト づくりのための研究最前線～」カナリア書房(2014)
5. 水口賢司「創薬の初期研究におけるデータベース構築とモデリング」学術の動向, 2017 Jul 1, 22(7):62-65
6. 夏目やよい, 水口賢司「計算システム生物学による創薬：分子、構造からネットワークへ」日本薬理学雑誌Vol. 149 (2017) No. 2 p. 91-95
https://www.jstage.jst.go.jp/article/fpj/149/2/149_91/_article/-char/ja/
計算生命科学の基礎Ⅲ
― 生命科学と理工学の融合による生命理解と医療・創薬への応用
詳細な講義内容はこちら【参考図書】
第1編 バイオインフォマティクス
1．藤 博幸「タンパク質の立体構造入門―基礎から構造バイオインフォマティクスへ 」講談社（2010）
2．日本バイオインフォマティクス学会 (編集)「バイオインフォマティクス入門」慶應義塾大学出版会（2015）
3．岡谷 貴之「深層学習 (機械学習プロフェッショナルシリーズ)」講談社（2015）
第2編 構造生命科学のための分子シミュレーション
1．柏木浩（著・監修）「タンパク質密度汎関数法」森北出版（2008）
2．“The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems”, Eds., D.G.Fedorov, K.Kitaura, CRC press, Boca Raton, 2009.
3．神谷成敏・肥後順一・福西快文・中村春木（著）「タンパク質計算科学：基礎と創薬への応用」共立出版（2009）
4．myPresto/ sievgeneの設計仕様書
http://www.jbic.or.jp/enterprise/result/001.html
5．生物物理 Vol. 51(2011) No. 6 通巻298号
http://www.biophys.jp/dl/journal/51-6.pdf
第3編 計算生命科学の最前線
1．Toby Segaran著「集合知プログラミング」 オライリージャパン（2008）
2．伊庭斉志著「計算と深層学習」オーム社 （2015）
3．米田悦啓、堤 康央、石井 健編「生命科学から創薬へのイノベーション」第12章 南山堂（2014）
4．松尾 豊 「人工知能は人間を超えるか ディープラーニングの先にあるもの」 角川EPUB選書(2015)
5. セバスチャン・スン「コネクトーム:脳の配線はどのように「わたし」をつくり出す のか」 草思社（2015）
計算生命科学の基礎Ⅱ
― 生命科学と理工学の融合による生命理解と健康・医療への応用
詳細な講義内容はこちら【参考図書】
第1編 ゲノムから見る生命科学
1．柳田敏雄他「計算と生命」岩波書店(2012)
2．Uri Alon (著)、倉田博之・宮野悟 (訳)「システム生物学入門 -生物回路の設計原理- 」共立出版 (2008)
3．Gregory N. Stephanopoulos ，Jens Nielsen ，Aristos A. Aristidou (著)、 清水浩・塩谷捨明 (訳)「代謝工学―原理と方法論」東京電機大学出版局 (2002)
第2編 タンパク質からみる生命科学
1．柏木浩・佐藤文俊(著・監修)「タンパク質量子化学計算」アドバンスソフト(2004)
2．神谷成敏・肥後順一・福西快文・中村春木(著)「タンパク質計算科学：基礎と創薬への応用」共立出版(2009)
3．Merz, Ringe, Reynolds(著)、田之倉優・小島正樹(訳)「ドラッグデザイン：構造とリガンドに基づくアプローチ」東京化学同人(2014)
4．S. Tanaka，Y. Mochizuki，Y. Komeiji，Y. Okiyama and K. Fukuzawa，”Electron-Correlated Fragment-Molecular-Orbital Calculations for Biomolecular and Nano Systems”，Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (2014) pp.10310-10344
第3編 医療・創薬における計算生命科学
1．岡谷貴之(著)「深層学習」講談社(2015)
2．佐藤洋行、原田博植 他(著)「データサイエンティスト養成読本」技術評論社 (2013/8/8)
3．日本化学会情報化学部会誌 Vol. 31(2013) No. 3 10月号
https://www.jstage.jst.go.jp/browse/cicsj/31/3/_contents/-char/ja/
日本化学会情報化学部会誌 Vol. 31(2013) No. 4 11月号
https://www.jstage.jst.go.jp/browse/cicsj/31/4/_contents/-char/ja/
4．K.M.Merz,Jr.，D.Ringe，C.H.Reynolds(著)、田之倉優・小島正樹(訳)「ドラッグデザイン 構造とリガンドに基づくアプローチ」東京化学同人(2014)
計算生命科学の基礎
― 生命科学と理工学の接点から社会への応用まで
詳細な講義内容はこちら【参考図書】
第1編 ゲノムから見る生命科学
1．柳田敏雄他「計算と生命」岩波書店（2012）
2．江口至洋「細胞のシステム生物学」共立出版（2008）
3．G. S. Ginsburg & H. F. Willard (eds.) Genomic and Personalized Medicine, Second Edition, Academic Press(2012)
第2編 タンパク質からみる生命科学
1．神谷成敏・肥後順一・福西快文・中村春木著「タンパク質計算科学：基礎と創薬への応用」共立出版（2009）
2．Merz, Ringe, Reynolds著、田之倉優・小島正樹訳「ドラッグデザイン：構造とリガンドに基づくアプローチ」東京化学同人（2014）
3．S. Tanaka, Y. Mochizuki, Y. Komeiji, Y. Okiyama and K. Fukuzawa, "Electron-Correlated Fragment-Molecular-Orbital Calculations for Biomolecular and Nano Systems", Phys. Chem. Chem. Phys. 16 (2014) pp.10310-10344
第3編 医療・創薬における計算生命科学
1．佐藤 健太郎「創薬科学入門 薬はどのようにつくられる?」オーム社（2012）
2．田中 博「生命医療情報学概論」コロナ社（2015年1月発刊予定）
3．田中 博「先制医療と創薬のためのシステムバイオロジー」培風館（2012）
4．河本薫「会社を変える分析の力」講談社現代新書（2013）
5. 佐藤洋行他「データサイエンティスト養成読本 [ビッグデータ時代のビジネスを支えるデータ分析力が身につく!]」技術評論社（2013）
