研究戦略と研究体制
運営体制
ポスト「京」のパワーを創薬に直結する研究体制
研究課題構成[課題責任者：理化学研究所 奥野 恭史]
サブ課題A:ポスト京でのMD高度化とアルゴリズム深化[サブ課題責任者：理化学研究所 杉田 有治]
コデザインによって分子動力学計算を超高速化するとともに、新しい構造探索技術、自由エネルギー評価法、長時間構造変化解析手法、量子化学計算法などを開発し、実アプリケーションでの評価を行う。
- ①ポスト「京」でのMD高度化（理化学研究所 生命システム研究センター 杉田 有治）
- ②拡張アンサンブル法（理化学研究所 生命システム研究センター 杉田 有治）
- ③長時間ダイナミクス法（東京大学分子細胞生物学研究所 北尾 彰朗）
- ④ハイブリッド QM/MM 自由エネルギー法を用いた高精度な薬剤結合シミュレーション法の開発
（京都大学大学院 理学研究科 林 重彦） - ⑤自由エネルギー計算法（横浜市立大学 生命医科学研究科 池口 満徳）
- ⑥粗視化モデリング（京都大学大学院 理学研究科 高田 彰二）
サブ課題B:次世代創薬計算技術の開発[サブ課題責任者：横浜市立大学 池口 満徳]
大規模HPC技術を十分に活用して、創薬を高度化する計算技術を開発する。具体的には、動的分子機能やタンパク質間相互作用の制御、細胞内環境、ウイルス環境を考慮した創薬等、従来の計算創薬では実現できなかった計算創薬技術を開発する。
- ①動的分子機能制御（横浜市立大学 生命医科学研究科 池口 満徳）
- ②タンパク質間相互作用（東京大学先端科学技術研究センター 藤谷 秀章）
- ③ウイルス標的創薬計算技術（名古屋大学大学院 工学研究科 篠田 渉）
- ④細胞環境標的創薬計算技術（理化学研究所 生命システム研究センター 杉田 有治））
- ⑤核酸‐タンパク質相互作用制御（量子科学研究技術研究開発機構 河野 秀俊）
サブ課題C:創薬ビッグデータ統合システムの開発 [サブ課題責任者：京都大学 奥野 恭史]
大規模な候補化合物と複数の創薬標的・副作用関連タンパク質の莫大な組み合わせからベストな医薬品候補化合物を高精度かつ超高速に予測できる創薬計算技術を開発し、サブ課題Aとサブ課題Bで開発される分子動力学計算ソフトおよび創薬計算技術とともに、創薬計算フローに沿って連結した統合システムを開発する。
- ①高精度薬剤デザイン（理化学研究所 生命システム研究センター、京都大学大学院医学研究科 奥野 恭史）
- ②機能制御部位データベース
（産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター 、筑波大学医学医療系 広川 貴次） - ③創薬関連ビッグデータ（東京大学大学院 新領域創成科学研究科 津田 宏治）
- ④標的分子ネットワーク（東京大学分子生物学研究所 北尾 彰朗）
- ⑤生体系マルチスケールモデリング（東京大学大学院 農学生命科学研究科 寺田 透）
