ソフトウェア情報
GENESIS
分子動力学法計算ソフト「GENESIS」はスーパーコンピュータ「京」の演算能力を最大に発揮するようデザインされた超並列分子動力学計算ソフトです。全原子・粗視化モデルに対応しており、細胞規模のシミュレーションから生体内反応の自由エネルギー計算まで幅広い研究をサポートします。ポスト「京」重点課題アプリケーション開発の一環として、GENESISによる本格的な創薬応用計算に向けた開発・機能追加も進められています。
| GENESIS | |
| 開発責任者 | 杉田 有治 （理化学研究所 生命システム研究センター） |
| 全原子モデルによる超並列分子動力学計算を行うspdynと、レプリカ交換法などの拡張アンサンブル計算、 全原子、粗視化モデル計算を行うatdynの二つのプログラムにより、細胞規模のシミュレーションから、生 体内反応の自由エネルギー計算まで幅広い研究に対応します。 | |
GENESIS最新情報
2016.7.29
GENESIS 1.1.0を公開
GENESIS講習会
ポスト「京」重点課題１では、HPCI戦略プログラム、ポスト｢京｣重点課題、理化学研究所 計算科学研究機構等で開発または「京」向けに最適化したソフトウェアを公開しています。 これらのソフトウェアをより多くの方に使っていただくため講習会を開催しています。講習会名 |
ポスト｢京｣重点課題１ GENESIS講習会（公開講習会ではございません） |
主 催 |
理化学研究所 生命システム研究センター ポスト｢京｣重点課題１ |
開催日 |
2016年9月8日（木） |
場 所 |
計算科学振興財団（FOCUS） 〒650-0047 兵庫県神戸市中央区港島南町7-1-28 計算科学センタービル2F 実習室 |
講 師 |
李 秀栄(理化学研究所 生命システム研究センター) 尾嶋 拓(理化学研究所 生命システム研究センター) |
内 容 |
前半：講義
後半：実習形式でタンパク質のMD計算及びレプリカ交換法やアンブレラサンプリング法を用い た計算手法を講習 |
対 象 |
ポスト｢京｣重点課題１プロジェクト参加者 |
その他のソフトウェア
「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」および「HPCI戦略プログラム 分野１「予測する生命科学・医療および創薬基盤」においてスーパーコンピュータ「京」で開発されたソフトウェアをご紹介しています。「HPCI戦略プログラム 分野１「予測する生命科学・医療および創薬基盤」で開発されたソフトウェア
■分子動力学計算
| MARBLE | |
| 開発責任者 | 池口 満徳 （横浜市立大学大学院生命医科学研究科） |
| 原子レベルの分子モデルを用いた分子動力学法による超並列計算を行い、各種構造生物学実験と連携しつつ 、溶液中や生体膜中のタンパク質の挙動をシミュレーションします。 ・詳細ホームページ |
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| SCUBA | |
| 開発責任者 | 石田 恒（日本原子力研究開発機構） |
| 全原子モデル計算により核酸やタンパク質などの生体高分子を対象にした分子動力学シミュレーションを実 行します。 | |
| CafeMol | |
| 開発責任者 | 高田 彰二（京都大学理学研究科） |
| 原子よりも粗視化された分子モデルを用いた分子動力学法による超並列計算を行い、実験的手法では研究困 難な生体高分子のダイナミクスをシミュレーションします。 ・詳細ホームページ |
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| MP-CAFEE | |
| 開発責任者 | 藤谷 秀章 （東京大学先端科学技術研究センター） |
| 非平衡統計力学理論に基づく超並列の全原子分子動力学計算をおこない、病気の原因となる標的タンパク質 と医薬品候補である低分子化合物との結合自由エネルギーを計算します。 | |
| μ2lib | |
| 開発責任者 | 木寺 詔紀（横浜市立大学・理化学研究所） |
| タンパク質や核酸、薬剤など生体分子を計算対象とします。反応の時間スケールが遅い（ミリ秒～秒）ため に、通常の分子動力学法では追跡が困難な、生体分子同士の相互作用やこれに伴う立体構造変化過程を、統 計力学に基づいた、マルチコピー・マルチスケール分子シミュレーション法を用いて再現します。 ・詳細ホームページ |
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■その他
| GROMACS |
| 分子動力学計算でタンパク質分子などの動的な挙動を解析しうるとともに、自由エネルギーなどの統計力学 量をも求めることができます。 ・詳細ホームページ |
| GROMACS-Viewer | |
| 開発責任者 | (理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム) |
| GROMACS由来の構造ファイルやデータファイルを、トラジェクトリの時系列で同期して可視化します。 | |
| R (GNU R) | |
| 開発責任者 | (理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラム) |
| 統計解析向け言語およびその実行環境で、データ操作や計算、表示のためのソフトウェアスイートです。 ・詳細ホームページ |
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| Blat OpenMP Patch |
| BlatのOpenMP化パッチです。 |
「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」で開発されたソフトウェア
「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発」にて開発されたソフトウェアの公開サイトをご覧ください。
ソフトウェア利用について
1. 利用にあたっての注意点全てのソフトウェアについて、可能な範囲で、ソースコード、実行用スクリプト、サンプル入力データ、実行結果ファイル、実行手順書、生命科学者向け チュートリアル資料等のコンテンツ提供を目指しています。また、実行環境はスーパーコンピュータ「京」を想定しています。ただし、スーパーコンピュータ 「京」でその性能を発揮できるように開発されている点、ご留意ください。また、実行できる計算機環境や著作権等の問題から全てのコンテンツが用意されてい ないソフトウェアもあります。
2. 利用許諾権（ライセンス）等について
本HPで提供しているソフトウェアの利用許諾権（ライセンス）は個々のソフトウェアの著作権者が定めており、個々のソフトウェアごとに異なります。個々のソフトウェアごとに、著作権者によって記載されている利用許諾権（ライセンス）にご留意ください。 なお、本HPで提供しているソフトウェアの著作権に関連する事項は、個々のソフトウェアの開発責任者にご確認ください。
